Une étude révèle de nouvelles opportunités pour développer des traitements contre le cancer

Les chercheurs du Baylor College of Medicine et des institutions collaboratrices ont découvert de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles pour le cancer et de nouvelles connaissances sur les cibles existantes des médicaments anticancéreux, élargissant ainsi l’étendue des possibilités de traitement de cette maladie.

En utilisant une approche globale comprenant l’intégration de données protéomiques, génomiques et épigénomiques provenant de 10 types de cancer, l’équipe a identifié des cibles protéiques et de petites protéines ou peptides dans les tissus cancéreux et a validé expérimentalement nombre d’entre elles en tant que candidats prometteurs pour des stratégies thérapeutiques. L’étude est parue dans Cellule.

“L’expérience a montré que les thérapies ciblées, les traitements contre le cancer dirigés contre des protéines spécifiques dans les cellules cancéreuses, sont prometteurs pour obtenir des résultats cliniques plus efficaces que la radiothérapie et la chimiothérapie traditionnelles”, a déclaré l’auteur co-correspondant, le Dr Bing Zhang, professeur de génétique moléculaire et humaine et fait partie du Lester et Sue Smith Breast Center à Baylor.

« Bien que des progrès soient réalisés dans l’identification des vulnérabilités potentielles de types de cancer spécifiques, moins de 200 protéines sont ciblées par les médicaments anticancéreux approuvés par la FDA. Dans cette étude, nous avons considérablement élargi la liste des cibles thérapeutiques potentielles en analysant les données de plus de 1 000 échantillons de tissus couvrant 10 cancers. les types.”

Les chercheurs ont appliqué des outils informatiques pour intégrer des données protéogénomiques comprenant des informations à l’échelle du génome sur l’ADN, l’ARN et les protéines générées par le Consortium d’analyse protéomique clinique des tumeurs (CPTAC) à partir d’échantillons collectés de manière prospective de tumeurs primaires naïves de traitement, dont beaucoup avec des tissus adjacents normaux correspondants. en comparaison.

L’équipe a intégré l’ensemble de données CPTAC à d’autres ensembles de données publics pour étudier les similitudes et les différences entre les altérations génétiques et protéiques trouvées dans divers types de tumeurs afin d’éclairer les cibles protéiques pour le traitement du cancer.

“Notre objectif était de mieux comprendre les caractéristiques des cibles médicamenteuses connues. Nous espérions également identifier de nouvelles cibles susceptibles de conduire au développement de nouveaux médicaments”, a déclaré Zhang, chercheur chez McNair et membre du Dan L Duncan Comprehensive Cancer Center de Baylor.

L’équipe a appliqué l’approche d’intégration des données pour identifier systématiquement les protéines et les gènes importants pour la croissance et le développement du cancer. Par exemple, les protéines qui sont surexprimées ou hyperactives dans les tissus cancéreux mais pas dans leurs homologues normaux, et la perte de gènes suppresseurs de tumeurs, qui peuvent créer des dépendances à l’égard d’autres protéines qui pourraient ensuite être ciblées thérapeutiquement. Ils ont également recherché des antigènes tumoraux, notamment des néoantigènes, des peptides spécifiques du cancer dérivés de mutations génétiques dans les tumeurs.

“Notre étude a révélé de nouvelles opportunités de réutilisation de médicaments actuellement approuvés pour d’autres pathologies”, a déclaré Zhang. “Par exemple, nous montrons qu’un médicament antifongique peut également réduire la croissance de plusieurs types de cancer, soutenant ainsi une exploration plus approfondie de la valeur anticancéreuse de ce médicament.”

Les chercheurs ont également identifié des cibles protéiques potentielles actuellement sans médicament : certaines sont des enzymes appelées kinases et d’autres sont des protéines de surface cellulaire. “Ces découvertes ouvrent des opportunités pour le développement de médicaments, notamment de médicaments à petites molécules ou de conjugués médicament-anticorps”, a déclaré Zhang.

En outre, l’identification informatique de plusieurs protéines associées aux tumeurs et partagées entre différents types de cancer a été suivie par une confirmation expérimentale de leur importance pour le cancer dans les cellules cultivées en laboratoire et dans des modèles animaux, validant ainsi ces protéines en tant que cibles thérapeutiques potentielles méritant des études plus approfondies.

« Je suis très heureux que nous ayons créé une ressource complète de cibles protéiques, élargissant considérablement le paysage thérapeutique en identifiant de nombreux nouveaux candidats et en couvrant diverses modalités thérapeutiques. Et nous avons rendu nos résultats accessibles au public, a déclaré Zhang. « Nous espérons que cette ressource ouvrira la voie à la réutilisation des médicaments actuellement disponibles et au développement de nouvelles thérapies pour le traitement du cancer.