Une situation extrêmement préoccupante chez les enfants d’Afrique subsaharienne

Deux méta-analyses réalisées par les Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) et l'Université de Genève (UNIGE) ont révélé un nombre très inquiétant d'enfants d'Afrique subsaharienne porteurs de souches bactériennes multirésistantes.

Les analyses se sont concentrées sur les entérobactéries, les bactéries responsables de la plupart des infections invasives chez les nouveau-nés dans cette région. La première étude montre que 41 % des bactéries Escherichia coli et 85 % des bactéries Klebsiella trouvées dans le sang des enfants lors d'infections sont résistantes aux traitements normalement utilisés dans les infections graves de l'enfant.

La deuxième étude révèle qu'un tiers des enfants sont colonisés par des entérobactéries résistantes aux céphalosporines. Pourtant, si ce traitement échoue, les options thérapeutiques alternatives ne sont souvent pas disponibles dans cette région.

Les deux études sont publiées dans eMédecineClinique.

La résistance aux antibiotiques est une préoccupation majeure pour la santé mondiale. Le problème est particulièrement aigu dans les pays d’Afrique subsaharienne où le taux de mortalité dû à la résistance aux antibiotiques est le plus élevé, notamment en Afrique de l’Ouest où il dépasse 100 décès pour 100 000 habitants. Les enfants et les nouveau-nés sont particulièrement vulnérables. A titre d’exemple, 30 % des nouveau-nés souffrant de sepsis, une réaction inflammatoire sévère consécutive à une infection, meurent à cause d’une résistance aux antibiotiques.

Malgré cette situation, il existe peu de données épidémiologiques sur les effets de cette affection chez les enfants. Ces données pourraient cependant être cruciales pour l’élaboration de recommandations thérapeutiques appropriées.

Une équipe des HUG et de l'UNIGE, dirigée par le Dr Noémie Wagner, médecin associée à l'unité d'infectiologie pédiatrique des HUG et privat-docent au Département de pédiatrie, gynécologie et obstétrique de la Faculté de médecine de l'UNIGE, et Annick Galetto-Lacour , médecin associé au Service d'admissions et d'urgences pédiatriques des HUG et professeur agrégé au Département de pédiatrie, gynécologie et obstétrique de la Faculté de médecine de l'UNIGE, a réalisé deux méta-analyses.

Présence importante d'entérobactéries résistantes dans les infections graves

L'objectif de la première étude était d'évaluer la proportion d'entérobactéries résistantes aux antibiotiques chez les enfants infectés en Afrique subsaharienne. Ces bactéries, souvent présentes dans les infections graves, sont connues pour leur capacité à développer une résistance aux antibiotiques.

L’équipe de recherche a commencé par une revue systématique de 1 111 études publiées entre 2005 et 2022 sur des enfants infectés. Parmi celles-ci, ils ont retenu 122 études, puis ont extrait les données publiées de plus de 30 000 échantillons de sang, d’urine et de selles d’enfants âgés de 0 à 18 ans pour effectuer une analyse statistique connue sous le nom de méta-analyse.

“Nous avons observé une forte proportion de bactéries résistantes aux antibiotiques, notamment celles retrouvées dans le sang des patients jeunes”, explique Noémie Wagner.

Les souches les plus fréquemment identifiées sont Escherichia coli et Klebsiella spp. L’étude a mis en évidence leur résistance considérable aux antibiotiques, avec des proportions élevées de résistance à l’ampicilline et à la gentamicine, antibiotiques de première intention recommandés en cas de sepsis.

Quant à E. coli, ces proportions atteignent 92,5 % pour l'ampicilline et 42,7 % pour la gentamicine. Les souches de Klebsiella spp sont toujours résistantes à l'ampicilline et présentent des proportions de résistance à la gentamicine de 77,6 %.

Les entérobactéries analysées ont également montré des proportions élevées de résistance aux céphalosporines de troisième génération, le traitement de deuxième intention du sepsis chez l'enfant, avec des proportions de résistance de 40,6 % pour les échantillons d'E coli et de 84,9 % pour les échantillons de Klebsiella.

Ces résultats suggèrent donc un niveau très élevé de résistance aux antibiotiques de première et deuxième intention recommandés pour traiter le sepsis infantile.

Trop de porte-enfants

L'objectif de la deuxième étude était d'estimer, également par le biais d'une revue systématique des études et d'une méta-analyse, la prévalence des enfants colonisés par des entérobactéries résistantes aux céphalosporines de troisième génération. Le terme colonisation désigne le fait de retrouver des bactéries dans les selles d'un enfant alors qu'il n'y a aucune infection actuelle.

40 études sur les 1 111 ont été retenues. Représentant une cohorte de 9 408 enfants, il s’agit de la revue de littérature la plus complète à ce jour pour l’Afrique subsaharienne. Elle a révélé que 32,2 % des enfants sont porteurs d'entérobactéries résistantes aux céphalosporines à large spectre.

“Ces proportions sont très élevées et préoccupantes. Ces traitements sont en effet administrés en deuxième intention lorsque les traitements de première intention ont échoué. En cas d'échec, les options thérapeutiques ne sont souvent pas disponibles dans cette région”, explique Annick Galetto-Lacour.

L'étude a également révélé que 53,8 % des enfants qui n'étaient pas porteurs d'entérobactéries résistantes à leur admission à l'hôpital étaient positifs pour ces bactéries à leur sortie.

Enfin, ces travaux ont montré que le risque d'être porteur d'entérobactéries multirésistantes est trois fois plus élevé après avoir reçu un traitement antibiotique trois mois auparavant. Pourtant, en Afrique subsaharienne, entre 83 % et 100 % des enfants hospitalisés sont traités aux antibiotiques.

“Les infections bactériennes étant la principale cause de décès dans cette région, les enfants sont très souvent traités avec des antibiotiques lors de leur admission à l'hôpital, même s'il n'y a aucun argument solide en faveur d'une infection bactérienne”, a déclaré le Dr Wagner.

“En effet, la plupart des établissements médicaux n'ont pas accès à des marqueurs inflammatoires permettant de distinguer une infection bactérienne, nécessitant des antibiotiques, d'une infection virale. Ils n'ont pas non plus la possibilité d'utiliser des cultures bactériennes et ne peuvent donc pas identifier correctement les espèces bactériennes, ni effectuer des tests de sensibilité aux antimicrobiens.

“C'est un cercle vicieux car une mauvaise utilisation des antibiotiques augmente la proportion de bactéries résistantes, qui seront alors plus difficiles à traiter.”

Une situation alarmante

Ces chiffres très élevés sont alarmants, notamment parce qu’ils sont nettement supérieurs aux estimations passées. Ils soulignent le besoin urgent de mesures ciblées pour gérer et contrôler la résistance aux antibiotiques en Afrique subsaharienne.

“Réduire la résistance aux antibiotiques nécessite d'agir sur plusieurs fronts. Il s'agit notamment de renforcer toutes les mesures possibles visant à une utilisation appropriée des antibiotiques et de limiter la propagation des infections par des mesures d'hygiène”, explique Wagner.

« Un meilleur accès à des tests de laboratoire complémentaires (marqueurs inflammatoires et analyses bactériologiques) est également nécessaire pour réduire le recours systématique aux antibiotiques, adapter les traitements aux bactéries découvertes et ajuster les traitements recommandés au profil de résistance des bactéries circulant dans la région. Dans ce contexte, le Mini-Lab développé par Médecins Sans Frontières présente un intérêt particulier.

“Il s'agit de laboratoires de bactériologie clinique tout-en-un, autonomes, transportables et abordables. Enfin, des études plus prospectives sont nécessaires, y compris dans des zones plus reculées.”

Pour en savoir plus, lisez un article publié dans Rapports scientifiquesqui présente une nouvelle application permettant de classer les antibiotiques en fonction de leur spectre d'activité.